FlexBüro berechnet die MwSt. für jede Zeile separat und summiert sie dann auf. Dadurch kann eine kleine Differenz zwischen summierter Zeilen-MwSt. und dem MwSt.-Betrag gerechnet von der Zwischensumme entstehen. Gerade bei der Verwendung von zwei MwSt. Sätzen, bei Teillieferungen oder dem positionsbezogenen Verbuchen ist die positionsbezogene MwSt. Berechnung unumgänglich.

Damit diese Differenz nicht auftritt könnte (sinnvollerweise auf anfangs Geschäftsjahr und Backup von FlexBüro) in Einstellungen/Finanzen/Runden die Rundungen deaktiviert werden. Achtung: Änderungen wirken sich auch auf bestehende Dokumente aus.

Nach Aussage der eidgenössischen Steuerverwaltung, Hauptabteilung Mehrwertsteuer, werden wie im allgemeinen Geschäftsverkehr auch bei der Mehrwertsteuer eine Rundung der Beträge nach den kaufmännischen Regeln akzeptiert.
Dabei kann je nach Methode in einer Rechnung jeder einzelne Posten kaufmännisch gerundet werden, oder aber nur das Endtotal. Einzelne Posten in Rechnungen können auf Rappen- oder 5-Rappenbeträge gerundet werden. Schlussbeträge sind immer auf 5 Rappen auf- bzw. abzurunden.
Sofern immer nach der kaufmännischen Regel und mit der gleichen Methode gerundet wird, heben sich die Rundungsdifferenzen über eine längere Zeitspanne automatisch auf. Ergeben sich je nach Verarbeitungsmethoden kleinere Steuerdifferenzen, dürfen diese auch ausgebucht werden.